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- Instituto de Estudos da Linguagem 1
- Instituto de Estudos em Saúde Coletiva 152
- Instituto de Filosofia e Ciências Sociais 50
- Instituto de Física 204
- Instituto de Geociências 879
- Instituto de História 116
- Instituto de Macromoléculas Professora Eloisa Mano 16
- Instituto de Matemática 45
- Instituto de Microbiologia Paulo de Góes 190
- Instituto de Nutrição Josué de Castro 21
- Instituto de Pesquisa e Planejamento Urbano e Regional 557
- Instituto de Pesquisas de Produtos Naturais Walter Mors 7
- Instituto de Psicologia 19
- Instituto de Psiquiatria 2
- Instituto de Puericultura e Pediatria Martagão Gesteira 3
- Instituto de Química 447
- Instituto do Coração Edson Abdala Saad 1
- Instituto Multidisciplinar de Química 15
- Instituto NUTES de Educação em Ciências e Saúde 33
- Instituto Politécnico 87