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- Instituto de Geociências 896
- Instituto de História 121
- Instituto de Macromoléculas Professora Eloisa Mano 16
- Instituto de Matemática 46
- Instituto de Microbiologia Paulo de Góes 214
- Instituto de Nutrição Josué de Castro 21
- Instituto de Pesquisa e Planejamento Urbano e Regional 581
- Instituto de Pesquisas de Produtos Naturais Walter Mors 7
- Instituto de Psicologia 23
- Instituto de Psiquiatria 2
- Instituto de Puericultura e Pediatria Martagão Gesteira 3
- Instituto de Química 455
- Instituto do Coração Edson Abdala Saad 1
- Instituto Multidisciplinar de Química 15
- Instituto NUTES de Educação em Ciências e Saúde 33
- Instituto Politécnico 87
- Instituto Tércio Pacitti de Aplicações e Pesquisas Computacionais 400
- Maternidade Escola 228
- Museu Nacional 406
- Núcleo de Estudos de Políticas Públicas em Direitos Humanos 1