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- Instituto de História 116
- Instituto de Macromoléculas Professora Eloisa Mano 16
- Instituto de Matemática 45
- Instituto de Microbiologia Paulo de Góes 190
- Instituto de Nutrição Josué de Castro 21
- Instituto de Pesquisa e Planejamento Urbano e Regional 558
- Instituto de Pesquisas de Produtos Naturais Walter Mors 7
- Instituto de Psicologia 19
- Instituto de Psiquiatria 2
- Instituto de Puericultura e Pediatria Martagão Gesteira 3
- Instituto de Química 447
- Instituto do Coração Edson Abdala Saad 1
- Instituto Multidisciplinar de Química 15
- Instituto NUTES de Educação em Ciências e Saúde 33
- Instituto Politécnico 87
- Instituto Tércio Pacitti de Aplicações e Pesquisas Computacionais 399
- Maternidade Escola 225
- Museu Nacional 394
- Núcleo de Estudos de Políticas Públicas em Direitos Humanos 1
- Núcleo Interdisciplinar de Dinâmica dos Fluidos 163