Uma abordagem em sílico para validação da arquitetura de capsídeo de novos vírus icosaédricos: Geminiviridae como caso de estudo

Machado, Gabriel Bonfim da Silva

Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11422/17564

Full metadata record

DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor	Domitrovic, Tatiana	-
dc.contributor.author	Machado, Gabriel Bonfim da Silva	-
dc.date.accessioned	2022-07-08T16:00:13Z	-
dc.date.available	2023-12-21T03:09:04Z	-
dc.date.issued	2020-11-09	-
dc.identifier.citation	MACHADO, G. B. da S. (2020). Uma abordagem em sílico para validação da arquitetura de capsídeo de novos vírus icosaédricos: Geminiviridae como caso de estudo [Trabalho de Conclusão de Curso, Universidade Federal do Rio de Janeiro]. Repositório Institucional Pantheon.	pt_BR
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11422/17564	-
dc.language	por	pt_BR
dc.publisher	Universidade Federal do Rio de Janeiro	pt_BR
dc.rights	Acesso Aberto	pt_BR
dc.subject	Capsídeo	pt_BR
dc.subject	Arginina	pt_BR
dc.subject	Geminiviridae	pt_BR
dc.subject	Biologia computacional	pt_BR
dc.subject	Capsid	pt_BR
dc.subject	Arginine	pt_BR
dc.subject	Computational biology	pt_BR
dc.title	Uma abordagem em sílico para validação da arquitetura de capsídeo de novos vírus icosaédricos: Geminiviridae como caso de estudo	pt_BR
dc.type	Trabalho de conclusão de graduação	pt_BR
dc.contributor.authorLattes	http://lattes.cnpq.br/0757976291109610	pt_BR
dc.contributor.referee1	Ferreira, Davis Fernandes	-
dc.contributor.referee2	Ribeiro, Simone da Graça	-
dc.contributor.referee3	Castro, Fernando Luz de	-
dc.contributor.referee4	Azevedo, Renata Campos	-
dc.description.resumo	Dados da metagenômica revelaram muitas novas espécies, vírus conhecidos apenas por suas sequências. A classificação taxonômica baseada apenas nas sequências dessas entidades virais é um desafio, por isso são necessárias mais ferramentas para entender e prever os aspectos biológicos delas. Várias proteínas de capsídeo dos vírus icosaédricos apresentam um domínio carregado positivamente (R-arm). Sabe-se que esses domínios são importantes para o empacotamento e a estabilidade do genoma. Recentemente, nosso grupo desenvolveu uma abordagem computacional baseada no cálculo da carga líquida de segmentos de proteínas, conseguindo assim identificar o R-arm de forma automática e calcular a carga líquida eletrostática. Com essa análise, foram identificados vírus de diversas famílias, com genomas de ssDNA, ssRNA, e dsDNA, em que a capacidade de empacotamento do genoma está relacionada com o número total de subunidades do capsídeo (arquitetura do capsídeo). Portanto, propomos que sabendo a sequência da proteína do capsídeo e o tamanho total do genoma, é possível aplicar essa análise para checar se um membro putativo de uma dada família viral apresenta a morfologia de partícula esperada. Neste trabalho, testamos essa hipótese com os geminivirus (Geminiviridae), que estão entre os vírus que usam os R-arms para estabilizar seus capsídeos. São vírus de planta de genoma ssDNA, divididos em nove gêneros, sendo dois principais, Begomovirus e Mastrevirus, e outros 7 menores. Esses vírus apresentam uma estrutura de capsídeo tridimensional conhecida por capsídeo geminado, formado por dois capsídeos icosaédricos T = 1 unidos por um vértice pentamérico, totalizando 110 subunidades repetidas. Aplicamos o nosso programa para calcular a carga líquida do R-arm para todas as sequências da família Geminiviridae incluídas no 10th relatório International Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV (n=442). Além de sequências de geminivírus não classificados e altamente divergentes do GenBank do NCBI. Assim, conseguimos observar uma correlação positiva entre a carga líquida linear e o tamanho do genoma para a maioria das sequências do nosso banco de dados. Todos os gêneros menores têm uma proporção genoma/capsídeo similar, corroborando a hipótese de que eles compartilham a mesma arquitetura de capsídio geminada. Também foi possível observar que alguns vírus da família estão deslocados, nossa hipótese é que essas espécies podem ter uma arquitetura alternativa para o seu capsídeo. Por fim, fomos capazes de identificar que uma família viral intimamente relacionada, Genomoviridae (T=1, 60 subunidades) não obedece a arquitetura geminada. Os resultados apontam para o potencial que a nossa metodologia apresenta na determinação da morfologia capsídica dessas sequênciais virais e por consequência no auxílio da caracterização de novos vírus vindos da metagenômica.	pt_BR
dc.publisher.country	Brasil	pt_BR
dc.publisher.department	Instituto de Microbiologia Paulo de Góes	pt_BR
dc.publisher.initials	UFRJ	pt_BR
dc.subject.cnpq	CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::MICROBIOLOGIA	pt_BR
dc.subject.cnpq	CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::IMUNOLOGIA	pt_BR
dc.embargo.terms	aberto	pt_BR
Appears in Collections:	Ciências Biológicas - Microbiologia e Imunologia

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
GBSMachado.pdf		1.56 MB	Adobe PDF	View/Open

Show simple item record Recommend this item View Statistics

Pantheon Institutional repository