Padronização de metodologias moleculares para detecção e genotipagem do HCV em soro e saliva

Sousa, Viviane Brandão Gomes de

Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11422/23948

Type:	Trabalho de conclusão de graduação
Title:	Padronização de metodologias moleculares para detecção e genotipagem do HCV em soro e saliva
Author(s)/Inventor(s):	Sousa, Viviane Brandão Gomes de
Advisor:	Villar, Livia Melo
Co-advisor:	Costa, Vanessa Duarte da
Abstract:	Estima-se que 58 milhões de pessoas estejam cronicamente infectadas pelo vírus da hepatite C (HCV) mundialmente. Ademais se estima que 78,6% dos infectados por HCV ainda não são diagnosticados. Por isso, a Organização Mundial de Saúde (OMS) salienta a importância da pesquisa por fluidos biológicos alternativos que possam facilitar um maior alcance do diagnóstico e aumento da vigilância genômica, no intuito de atingir a eliminação de 80% dos casos de HCV até 2030. A genotipagem por sequenciamento nucleotídico, além de fornecer dados de vigilância genômica, também pode ser importante para direcionar pacientes em estado clínico ou que não responderam ao tratamento, dado que os genótipos 1 e 3 estão mais associados à cirrose. Dentre os fluidos alternativos, o HCV na saliva tem um menor risco de transmissão por possivelmente apresentar uma menor carga viral quando comparada ao soro (padrão-ouro), é menos invasiva e tem a opção de autocoleta. Por isso, este trabalho teve como objetivo principal avaliar a saliva como uma amostra alternativa para a genotipagem do HCV por sequenciamento nucleotídico. Trinta e um soros (padrão-ouro) e saliva pareados foram coletados, sendo 21 pacientes anti-HCV reagente e HCV RNA detectável e 10 como população saudável (grupo controle). Estratégias de extração de RNA (manual e automatizada) e amplificação por PCR do genoma parcial da NS5B (~370 nucleotídeos) (PCR One-step/semi-nested e transcrição reversa seguida de PCR) para a otimização do protocolo em saliva foram avaliadas. Posteriormente à padronização das etapas iniciais, os produtos de PCR foram purificados, quantificados e submetidos ao sequenciamento nucleotídico convencional. A edição de sequências a partir de eletroferogramas, geração de consensos e filogenia foi realizada a partir do programa MEGA X. O protocolo foi padronizado com a extração automatizada seguida por PCR One-Step/semi-nested. O sequenciamento em soro pontuou que 21 amostras (80,8%;17/21) pertenciam ao genótipo 1 do HCV, sendo 58,9% (10/17) do subtipo 1a e 41,1% (7/17) do subtipo 1b. 9,6% (2/21) foram genotipadas como subtipo 3a, 4,8% (1/21) subtipo 4a e 4,8% (1/21) subtipo 2b. Das 21 amostras de saliva extraídas, 10 amplificaram por PCR. Dessas, foi possível realizar o sequenciamento e genotipar as estirpes do HCV de 7, o qual 3 amostras correspondiam ao subtipo 1a (43%; 3/7), 1 amostra ao subtipo 1b (14%; 1/7), 1 amostra ao subtipo 2b (14%; 1/7) e 2 amostras (29%; 2/7) ao genótipo 1 (sem classificação de subtipo). Todas estas 7 salivas apresentaram o genótipo/subtipo concordante ao soro. A distância genética média de todas as amostras de saliva em relação aos seus respectivos soros foi de 0,2445±0,0722 em nucleotídeo e de 0,0935±0,1054 em aminoácido. Esses achados salientaram a presença do RNA do HCV íntegro na saliva, tal como o seu potencial para genotipagem do HCV. Isso, por sua vez, pode ajudar as metas da OMS por aumentar o diagnóstico e vigilância genômica em micropopulações de punção venosa difícil.
Keywords:	Sequenciamento nucleotídico Hepatite C Saliva Nucleotide sequencing Hepatitis C
Subject CNPq:	CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::MICROBIOLOGIA CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::IMUNOLOGIA
Production unit:	Instituto de Microbiologia Paulo de Góes
Publisher:	Universidade Federal do Rio de Janeiro
Issue Date:	11-Dec-2023
Publisher country:	Brasil
Language:	por
Right access:	Acesso Aberto
Citation:	SOUSA, Viviane Brandão Gomes de. Padronização de metodologias moleculares para detecção e genotipagem do HCV em soro e saliva. 2023. 70 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Ciências Biológicas: Microbiologia e Imunologia) - Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2023.
Appears in Collections:	Ciências Biológicas - Microbiologia e Imunologia

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