GENUVEM: busca de sequências genéticas em plataformas de Big Data

Gomes, Raphael Sant'Anna

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DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor	Rossetto, Silvana	-
dc.contributor.author	Gomes, Raphael Sant'Anna	-
dc.date.accessioned	2024-09-05T17:17:32Z	-
dc.date.available	2024-09-07T03:00:17Z	-
dc.date.issued	2024-08-14	-
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11422/23608	-
dc.language	por	pt_BR
dc.publisher	Universidade Federal do Rio de Janeiro	pt_BR
dc.rights	Acesso Aberto	pt_BR
dc.subject	Alinhamento de sequências	pt_BR
dc.subject	Bioinformática	pt_BR
dc.subject	Blast	pt_BR
dc.subject	Hadoop	pt_BR
dc.subject	Spark	pt_BR
dc.subject	Bioinformatics	pt_BR
dc.title	GENUVEM: busca de sequências genéticas em plataformas de Big Data	pt_BR
dc.type	Trabalho de conclusão de graduação	pt_BR
dc.contributor.advisorCo1	Campos, Maria Luiza Machado	-
dc.contributor.referee1	Lopes, Giseli Rabello	-
dc.contributor.referee2	Silva, Vivian dos Santos	-
dc.contributor.referee3	Jardim, Rodrigo	-
dc.description.resumo	A busca de sequências em bases de dados permanece como uma das mais importantes tarefas em bioinformática, sendo o Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) a principal ferramenta utilizada para inferência de homologia baseada em similaridade de sequências. Nas últimas décadas, o volume de dados publicados cresceu de tal forma que foi necessária a criação de estratégias de paralelização e distribuição das buscas. Uma das possibilidades é a distribuição da execução do BLAST em clusters de computadores com o apoio de plataformas de Big Data, como Apache Hadoop e Apache Spark. Nesta monografia, foi realizada uma revisão de trabalhos relacionados neste campo, e foi desenvolvida uma ferramenta para busca de sequências em nuvem baseada em Spark, o Genuvem. A validação foi conduzida na nuvem pública da Google Cloud Platform em diferentes tipos de clusters de computadores. Os resultados demonstraram que, para buscas suficientemente grandes, a solução escala com eficiência superior a 80%.	pt_BR
dc.publisher.country	Brasil	pt_BR
dc.publisher.department	Instituto de Computação	pt_BR
dc.publisher.initials	UFRJ	pt_BR
dc.subject.cnpq	CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO	pt_BR
dc.embargo.terms	aberto	pt_BR
Appears in Collections:	Ciência da Computação

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