Pantheon Repositorio Institucional
Recopila, preserva y difundi la producción académica digital en todas las áreas del conocimiento.
Comprende los activos del repositorio, además de tesis y disertaciones en la UFRJ, artículos científicos, libros electrónicos, capítulos de libros y trabajos presentados en eventos para los profesores, investigadores, personal administrativo y estudiantes de maestría y doctorado.
Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem:
http://hdl.handle.net/11422/23608| Especie: | Trabalho de conclusão de graduação |
| Título : | GENUVEM: busca de sequências genéticas em plataformas de Big Data |
| Autor(es)/Inventor(es): | Gomes, Raphael Sant'Anna |
| Tutor: | Rossetto, Silvana |
| Tutor : | Campos, Maria Luiza Machado |
| Resumen: | A busca de sequências em bases de dados permanece como uma das mais importantes tarefas em bioinformática, sendo o Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) a principal ferramenta utilizada para inferência de homologia baseada em similaridade de sequências. Nas últimas décadas, o volume de dados publicados cresceu de tal forma que foi necessária a criação de estratégias de paralelização e distribuição das buscas. Uma das possibilidades é a distribuição da execução do BLAST em clusters de computadores com o apoio de plataformas de Big Data, como Apache Hadoop e Apache Spark. Nesta monografia, foi realizada uma revisão de trabalhos relacionados neste campo, e foi desenvolvida uma ferramenta para busca de sequências em nuvem baseada em Spark, o Genuvem. A validação foi conduzida na nuvem pública da Google Cloud Platform em diferentes tipos de clusters de computadores. Os resultados demonstraram que, para buscas suficientemente grandes, a solução escala com eficiência superior a 80%. |
| Materia: | Alinhamento de sequências Bioinformática Blast Hadoop Spark Bioinformatics |
| Materia CNPq: | CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO |
| Unidade de producción: | Instituto de Computação |
| Editor: | Universidade Federal do Rio de Janeiro |
| Fecha de publicación: | 14-ago-2024 |
| País de edición : | Brasil |
| Idioma de publicación: | por |
| Tipo de acceso : | Acesso Aberto |
| Aparece en las colecciones: | Ciência da Computação |
Ficheros en este ítem:
| Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
|---|---|---|---|---|
| RSGomes.pdf | 1.08 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
Los ítems de DSpace están protegidos por copyright, con todos los derechos reservados, a menos que se indique lo contrario.