Pantheon Repositório Institucional da UFRJ
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http://hdl.handle.net/11422/23608| Tipo: | Trabalho de conclusão de graduação |
| Título: | GENUVEM: busca de sequências genéticas em plataformas de Big Data |
| Autor(es)/Inventor(es): | Gomes, Raphael Sant'Anna |
| Orientador: | Rossetto, Silvana |
| Coorientador: | Campos, Maria Luiza Machado |
| Resumo: | A busca de sequências em bases de dados permanece como uma das mais importantes tarefas em bioinformática, sendo o Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) a principal ferramenta utilizada para inferência de homologia baseada em similaridade de sequências. Nas últimas décadas, o volume de dados publicados cresceu de tal forma que foi necessária a criação de estratégias de paralelização e distribuição das buscas. Uma das possibilidades é a distribuição da execução do BLAST em clusters de computadores com o apoio de plataformas de Big Data, como Apache Hadoop e Apache Spark. Nesta monografia, foi realizada uma revisão de trabalhos relacionados neste campo, e foi desenvolvida uma ferramenta para busca de sequências em nuvem baseada em Spark, o Genuvem. A validação foi conduzida na nuvem pública da Google Cloud Platform em diferentes tipos de clusters de computadores. Os resultados demonstraram que, para buscas suficientemente grandes, a solução escala com eficiência superior a 80%. |
| Palavras-chave: | Alinhamento de sequências Bioinformática Blast Hadoop Spark Bioinformatics |
| Assunto CNPq: | CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO |
| Unidade produtora: | Instituto de Computação |
| Editora: | Universidade Federal do Rio de Janeiro |
| Data de publicação: | 14-Ago-2024 |
| País de publicação: | Brasil |
| Idioma da publicação: | por |
| Tipo de acesso: | Acesso Aberto |
| Aparece nas coleções: | Ciência da Computação |
Arquivos associados a este item:
| Arquivo | Descrição | Tamanho | Formato | |
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