GENUVEM: busca de sequências genéticas em plataformas de Big Data

Gomes, Raphael Sant'Anna

Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11422/23608

Type:	Trabalho de conclusão de graduação
Title:	GENUVEM: busca de sequências genéticas em plataformas de Big Data
Author(s)/Inventor(s):	Gomes, Raphael Sant'Anna
Advisor:	Rossetto, Silvana
Co-advisor:	Campos, Maria Luiza Machado
Abstract:	A busca de sequências em bases de dados permanece como uma das mais importantes tarefas em bioinformática, sendo o Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) a principal ferramenta utilizada para inferência de homologia baseada em similaridade de sequências. Nas últimas décadas, o volume de dados publicados cresceu de tal forma que foi necessária a criação de estratégias de paralelização e distribuição das buscas. Uma das possibilidades é a distribuição da execução do BLAST em clusters de computadores com o apoio de plataformas de Big Data, como Apache Hadoop e Apache Spark. Nesta monografia, foi realizada uma revisão de trabalhos relacionados neste campo, e foi desenvolvida uma ferramenta para busca de sequências em nuvem baseada em Spark, o Genuvem. A validação foi conduzida na nuvem pública da Google Cloud Platform em diferentes tipos de clusters de computadores. Os resultados demonstraram que, para buscas suficientemente grandes, a solução escala com eficiência superior a 80%.
Keywords:	Alinhamento de sequências Bioinformática Blast Hadoop Spark Bioinformatics
Subject CNPq:	CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO
Production unit:	Instituto de Computação
Publisher:	Universidade Federal do Rio de Janeiro
Issue Date:	14-Aug-2024
Publisher country:	Brasil
Language:	por
Right access:	Acesso Aberto
Appears in Collections:	Ciência da Computação

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